Symbolika pelikana w chrześcijaństwie opiera się na dziele z II wieku pt. „Fizjolog”. Jest to najstarsze i najbardziej rozpowszechnione dzieło na temat zwierząt, które stanowi podstawę średniowiecznej symboliki zwierząt. Czytamy w nim, że ptak ten bardzo kocha swe pisklęta. Zdarza się, że gdy dorastają, dziobią swoich rodziców, oni zaś, odtrącając je, mogą uderzyć tak mocno, że ciosy te okazują się śmiertelne dla młodych pelikanów. Potem żałują tego, co uczynili, i po trzech dniach matka otwiera swoją pierś dziobem i skrapia martwe pisklęta własną krwią i je ożywia.
„Spójrzmy na samego Pana – pisał św. Augustyn – a może ptaki jego przedstawiają. […] Nie przemilczajmy tego, co mówi się, a nawet czyta o owym ptaku pelikanie […]. Powiada się o tych ptakach, że uderzeniami swoich dziobów zabijają swoje młode, i że następnie opłakują przez trzy dni zabite we własnym gnieździe. Wreszcie matka sama siebie ciężko rani i własną swą krew wylewa na małe, które dzięki niej ożywają. Może jest to prawda, a może nie. Jeżeli jednak jest to prawda, pomyślcie, w jaki sposób odpowiada to temu, który ożywił nas swoją krwią”. Pisarze kościelni w różny sposób interpretują tekst „Fizjologa”, ale zachowują zasadniczą myśl. Remigiusz z Auxerre wyjaśnia, że pelikan zabijający swoje pisklęta i ożywiający je na trzeci dzień swoją krwią, jest symbolem Chrystusa, który uśmiercił rodzaj ludzki przez to, że sam jako człowiek poddał się śmierci, ale trzeciego dnia zmartwychwstał. W średniowieczu pojawiła się jeszcze inna wersja tej legendy. Mówi ona, że pelikany tak długo karmią swe pisklęta własną krwią, aż z wycieńczenia same umierają. Co jest również symbolem ofiarnej śmierci Chrystusa. Być może u podstaw legendy leży fakt, że pelikan, wydobywając złowione dla piskląt ryby z worka znajdującego się pod dziobem, wykonuje energiczne ruchy. Powoduje to zabarwienie worka na intensywnie czerwony kolor, co mogło kojarzyć się z krwią. Obecność pelikana w kontekście ukrzyżowania wskazuje zarówno na zbawczą krew Chrystusa wylaną za grzeszników, jak i oddaną na pokarm. W wiekach średnich obraz pelikana rozpowszechnił się również w połączeniu z pobożnością eucharystyczną. Pelikan na drzwiach tabernakulum i na monstrancjach wskazuje na Eucharystię. W hymnie św. Tomasza z Akwinu „Adoro Te devote” („Zbliżam się w pokorze”) na część Najświętszego Sakramentu przedostatnia strofa brzmi następująco:
„O tkliwy pelikanie dusz, Jezu mój, Chryste, Krwią swoją – serce moje z win obmyj nieczyste: wszak jedna jej kropelka w tak wielkiej jest cenie, że zdoła przynieść światu całemu ocalenie!”.
